Přímo v hradním areálu se nachází původně románský kostel sv. Prokopa s barokní přestavbou a rokokovými prvky. Jeho barokní interiér je převážně z let 1720–1730. Kostel byl původně zasvěcen sv. Vojtěchovi. Při stavebních úpravách byly odhaleny nástěnné malby z roku 1340. Každou neděli zde pravidelně probíhají bohoslužby římskokatolické církve.
Římskokatolická farnost Strakonice obdržela dotaci z EU ve výši 52,5 mil. Kč na Revitalizaci kostela sv. Prokopa ve Strakonicích za účelem zvýšení návštěvnosti památky. Celkové náklady opravy byly cca 55,2 mil Kč.
V rámci projektu byla opravena střecha kostela a věže (poškozených dřevěných prvků, výměněna byla střešní krytina a klempířské prvky), opravena byla fasáda a truhlářské prvky na fasádě tj. oken a dveří, také byla provedena restaurátorská oprava vitráží. Opravou prošlo i hlavní přístupové schodiště. V interiéru kostela, na sakristii i na kůru byly opraveny podlahy. Vnitřní omítky prošly také opravou a následně byl celý kostel vymalován. V zádveří hlavního vstupu byly osazeny mříže k vytvoření volného prostoru pro veřejnost pro možnost prohlídek. V kostele byla opravena elektroinstalace a elektronického zabezpečovacího systému. Pamatovalo se i na vnitřní schodiště a mobiliář z interiéru kostela byl restaurován.