Oficiální www stránky města
Původně gotický, později změněný v období baroka, hřbitovní kostel sv. Václava s farou založil ve strobylé osadě Lom na přelomu 13. a 14. století Bavor III. V téže době vznikl u kostela hřbitov, který se postupně stává jediným strakonickým hřbitovem. Hřbitov, pevně spojený s křesťanským kultem, býval nazýván také svaté pole. Původně nevelký prostor musel být postupně rozšiřován až do dnešní rozlohy např. po epidemii hladomoru v 18. století.
Přímo v hradním areálu se nachází původně románský kostel sv. Prokopa s barokní přestavbou a rokokovými prvky. Jeho barokní interiér je převážně z let 1720–1730. Kostel byl původně zasvěcen sv. Vojtěchovi. Při stavebních úpravách byly odhaleny nástěnné malby z roku 1340. Každou neděli zde pravidelně probíhají bohoslužby římskokatolické církve.
Římskokatolická farnost Strakonice obdržela dotaci z EU ve výši 52,5 mil. Kč na Revitalizaci kostela sv. Prokopa ve Strakonicích za účelem zvýšení návštěvnosti památky. Celkové náklady opravy byly cca 55,2 mil Kč.
V roce 1583 si strakoničtí měšťané nechali postavit na bývalém ostrově na základech staršího gotického kostela z počátku 13. století rozsáhlý kostel, v němž se mohlo přijímat podobojí. Stavbou kostela byl pověřen vlámský stavitel V. Vogarelli. Nově vzniklá hodnotná sálová renesanční stavba s gotickými prvky je sklenuta síťovou hvězdovou klenbou. Vybavení kostela je pseudogotické z roku 1984. Při rekonstrukci střechy v roce 2000 byly objeveny v kopuli dokumenty z roku 1873. Od roku 2018 je farním kostelem římskokatolické církve, konají se zde pravidelně bohoslužby.
Na jihovýchodním okraji města v městské části Podsrp se nachází kostel Panny Marie Bolestné z 18. století, který se stal vyhledávaným poutním místem. Zajímavý je trojkřídlý ambit na západní straně kostela a jednopatrová fara s volutovými štíty.